Naftalan” sözünün etimologiyası bu ərazidə çıxan neftlə əlaqədardır. Ehtimala görə, hələ qədimdən təbii şəkildə çıxan “Naftalan” neftinin müalicəvi əhəmiyyətini bilən xüsusi adamlar onu tuluqlara doldurub dəvə karvanı ilə müxtəlif yerlərə apararaq satırmışlar. Naftalan (neft alan) adının da elə buradan yarandığı ehtimal olunur. Müalicəvi naftalan məlhəmi haqqında ilk yazılı məlumatlar XII əsrə təsadüf edir. Dahi Azərbaycan şairi Nizami Gəncəvi (1141-1209) ''Xəmsə'' poemasında Səfikürd kəndindən karvanlarla Naftalan neftinin daşınmasınından söz açırdı. O, poemada qayğıkeş qadının ovda yaralanan ərinin yaralarını “dağ yağı” ilə müalicə etməsindən bəhs edirdi. XIII əsrdə Azərbaycanda olmuş məşhur səyyah Marko Polo da özünün ''Böyük Tatarıstan haqqında'' traktatında Naftalan neftini xatırlayır. 1911-1912-ci illərdə başqa bir alman sahibkarı Kvel ''German-Naftalan'' adlı səhmdar cəmiyyəti yaratmış və Naftalan neftindən bir neçə preparat hazırlamağa başlamışdır. Həmin illərdə Almaniyada Naftalanla bağla iki səhmdar cəmiyyəti “Maqdenburq-Naftalan”, Drezden-Naftalan fəaliyyət göstərirdi ki, onlar da Naftalan neftindən dərman preparatları hazırlayırdılar.
Naftalan şəhəri 1967-ci ilə kimi Goranboy və Yevlax rayonlarının tərkibində qəsəbə kimi fəaliyyət göstərmişdir. Lakin, 28 aprel 1967-ci ildə Azərbaycan Respublikası Ali Soveti Rəyasət Heyətinin 48 nömrəli Qərarı ilə Naftalana Respublika tabeli şəhər statusu verilmişdir.